Merkittävimmät Metsähallituksen hankkeet liittyvät laajojen aluekokonaisuuksien käyttösuunnitelmiin sekä luonnonsuojelun ja luontomatkailun edistämiseen. Luonnonvarasuunnitelmat sekä suojelualueiden hoito- ja käyttösuunnitelmat päivitetään hankemuotoisesti yhdessä alueiden muiden toimijoiden kanssa. Metsähallituksen luontopalvelut hyödyntää suojelualueilla mm. Euroopan unionin rahoitusta ja osallistuu yhteistyöhankkeisiin.
